No início do primeiro governo do PT, é nomeado diretor do BNDES¹, sendo responsável pelas áreas de Planejamento e Mercado de Capitais.

No Planejamento, promoveu uma reestruturação, remodelando o Departamento de Estudos para iniciar a análise de alguns setores, como tecnologia da informação, farmacêutica e biotecnologia. As estatísticas do BNDES passaram a incluir o Índice de Desenvolvimento Humano (IDH).

No segundo semestre de 2003, passou a administrar outras áreas: a de Crédito e a Industrial e, neste período, fez parte do grupo de articuladores da Política Industrial Tecnológica e de Comércio (PITCE).²